“补课”之初，荒废数年的政治学研究基础薄弱，几乎一切都要从零开始。但王邦佐一开始就抓住了“补课”工作的核心问题：他认为，政治学是马克思主义的重要组成部分，研究政治学必须阐发马克思主义的有关基本原理，坚持正确的方向。王邦佐参与撰写和主编的《政治学教程》、《政治学概要》、《马克思主义政治学》等教材都是围绕这一任务确立起基本体系。其中，《政治学概要》于1992年被评为全国优秀教材，并被全国十多所高等院校和省市级党校选为教材，多次再版。

“补课”之初，荒废数年的政治学研究基础薄弱，几乎一切都要从零开始。但王邦佐一开始就抓住了“补课”工作的核心问题：他认为，政治学是马克思主义的重要组成部分，研究政治学必须阐发马克思主义的有关基本原理，坚持正确的方向。王邦佐参与撰写和主编的《政治学教程》、《政治学概要》、《马克思主义政治学》等教材都是围绕这一任务确立起基本体系。其中，《政治学概要》于1992年被评为全国优秀教材，并被全国十多所高等院校和省市级党校选为教材，多次再版。

在承担教学工作、编写教材的过程中，王邦佐也逐步探索和阐发了马克思主义政治学的基础理论。在《政治学教程》和之后的几篇论文中，他根据列宁的“政治是经济的集中表现”，以及他基于列宁和邓小平对苏联和中国政治现实的论断所提出的“政治是大局”的核心观点，阐述了马克思主义的“经济政治观”。后来，在《<共产党宣言>是马克思主义政治学大纲》等文章中，他指出《宣言》是马克思主义政治学的纲领性著作。围绕《宣言》确立马克思主义政治学研究的基本内容，这一观点被广泛认同，也在后来出版的有影响力的政治学教材中得以延续。

除了理论体系的探索和完善，王邦佐将许多精力投入当代中国政治发展中的现实问题研究。对现实的敏感关注和敏锐分析形成了他对社会政治发展过程中某些重大问题的超前见解。例如，十一届三中全会召开后，国内却仍高扬“时代没有变”的口号，为此他与孙关宏教授于1980年发表《“时代没有变”的提法不妥》一文，强调列宁关于时代的论述是发展变化的。1985年，在《从“一国两制”看主权和治权的关系》一文中，他原创性地运用主权与治权本质统一而运行适度分离理论，为港、澳回归祖国及中国的统一提供理论依据。进入90年代以来，他较为关注中国的民主政治建设问题，深刻阐发了民主政治是统治制度、组织形式和政治文化有机统一的观点，中国民主政治建设的特色在于其与中国政治制度、社会经济、历史传统和文化相关性。针对2013年底以来学术界关于“中国式民主”概念上的分歧，他一针见血地指出：“评价中国式民主不能用概念来评价，而要用实践来评价。即从社会主义初级阶段的实践来看，它是否给人民带来福祉。”

“实事求是，留有余地。”在王邦佐的学术研究道路上，复旦大学老校长谢希德教授的这句话一直铭记于他的心中。在他看来，认识世界、解释世界是一个循序渐进的过程，任何观点都要留有余地。“社会科学研究很重要的一点就是，要把问题放在当时的环境中进行分析。很多问题时过境迁，人们就无法理解。同样，我们也不能以今天的标准要求历史人物，提出超越时代的要求。”王邦佐在一次采访中强调，“政治学研究这些年有了很大发展，但问题也很多，还需要大家踏踏实实地搞研究。”