近日，论文交流平台Pubpeer一篇稿件成功引起小编的注意。这篇刊发在Nature子刊IF高达20+期刊的论文，连翻遭学者提问，作者与读者之间已多轮过招，留言讨论高达16次！讨论内容涉及图片重复使用和原始数据分析等多个方面。

其中一位远在美国的通讯作者因网站给其发送过多提醒邮件而控诉“这种行为太不专业”！

 稿件信息： 

Gao X, Xia X, Li F, et al. Circular RNA-encoded oncogenic E-cadherin variant promotes glioblastoma tumorigenicity through activation of EGFR–STAT3 signalling[J]. Nature Cell Biology, 2021, 23(3): 278-291.

图源：谷歌学术、西北大学个人主页

图源：中山大学

1、Ext. Fig5图片重复使用：

通讯作者张弩回复：

论文修改时间紧迫，非常抱歉没有进行认真的审查。早在交稿时，原始数据已经和稿件一起提交到期刊。

学者再发问：

PDGFRA分子量应该是190kDa？参见: https://www.cellsignal.com/

此外，Extended Data Fig. 5图示缺失？

2、Extended Data Figure 6d红色框的两个DNA电泳图几乎相同，作者似乎只是将一幅图的亮度进行了调节，得到了这两张结果。

如果将左边图增亮70%，就能清晰地看出这两张图片来源同一个DNA电泳结果。

一作Xinya Gao回复：

我们仔细检查了原始数据。我们把GSC17和NSC高曝光和低曝光的照片放在了一个文件夹中，这导致了我们对Ext.Fig.6d的错误粘贴。但是，NSC敲除组细胞的IB和Sanger测序结果能够保证数据完整性，对结论不会有影响。我们将会联系期刊刊发更正。

3、（Litoria Modica提出）Extended Data Figure 2g中间图中病人数量为45？45是cohort 3的数据吧。

cohort 3高C-E-Cad组与低C-E-Cad组左右图样本量不一致，25 vs 20? 30 vs 15?

作者回复：

cohort 3和CGGA样本都是独立的群组，两组均是随机选取了45个样本。

学者Pandanus Basedowii再度发问：

感谢回复，我注意到了cohort 3和CGGA样本都是独立的群组。CGGA数据库包含中和右两张图片？图示可有错误？

如你所说，你的数据分析基于CGGA数据，但是，不同阶段，无论是原发还是复发，我都没有重复出同样的结果。您可否上传分析过程？

作者能够提供分析所使用的数据吗？

您的论文中Extended Figure 2G似乎并没有使用任何一个数据？E-Cad高表达组样本数为54，E-Cad低表达组样本数为53，合计97。97个样本在CGGA数据库中对应着哪些数据样本？

同样，Extended Figure 2G中的107个原始数据是哪些？

到最后，我发现作者使用的是mRNA_array_301数据集、WHO IV glioma。

作者为什么不使用mRNAseq_325的结果？mRNAseq_325 dataset数据中E-Cad高表达组与E-Cad低表达组幸存结果更显著P = 0.05。

作者应该解释一下，在CGGA数据库中GBM（比如WHO IV Grade Glioma）mRMA表达微阵列分析结果和mRNA表达测序结果不同的原因。

4、作者试图用他们自己的样本来证明E-Cad (CDH1)在正常组织中是高表达的。然而，这个结果与TCGA数据库完全相反。

接下来在Fig. 2F中作者使用TCGA数据库对E-cad在GBM中的生存率分析进行了验证，但是作者有意回避了TCGA数据库中GBM与正常组织E-cad表达的比较结果，只使用了他们自己的样本进行比较。

在TCGA数据库中，E-cad在肿瘤组织中的表达略有上调，但在作者自己的样本中却明显下降，只是为了突出C-E-Cad的作用?

作者回复：

请注意TCGA 数据库并没有包括circular RNA测序结果。正如您所说，肿瘤组织样本中E-Cad RNA表达小幅度上调，但是E-Cad蛋白的表达却是下调的，下调机制是多元的。

5、已上传的原始数据（右图）与论文中，PARP Western Blot条带图片与Caspase3互换。

另一位通讯作者Shi-Yuan Cheng就以上问题回应（仅截取部分）：

网站一分钟5封邮件，非常不专业！我相信一作已经完全解决了读者的疑问！

此外，实验和生物信息学的相关分析都是张弩在广州完成的，我仅负责对文章整体的重新组织和重新分析大部分数据。如对图片和数据有疑问请找张弩。

这场围绕着图片重复使用、数据合理性的大辩论在PubPeer上如火如荼上演。

目前来看，图片重复使用是作者粗心且无意地拼贴造成的，并不会影响论文结果，已联系出版社刊发更正。部分数据问题，作者回答有理有据，逻辑清晰。

其他图片问题和数据问题还有待作者的正面回复，相信作者能给一个令读者信服的答案。

参考文献：

[1] Gao X, Xia X, Li F, et al. Circular RNA-encoded oncogenic E-cadherin variant promotes glioblastoma tumorigenicity through activation of EGFR–STAT3 signalling[J]. Nature Cell Biology, 2021, 23(3): 278-291.

[2] https://pubpeer.com/publications/F9D4AB94CEF8BE18A7FD8A5CF745D3

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